微波炉的杀菌要来自于热力效应和生物效应。热力效应能使细菌的细胞蛋白质受热变性凝固，导致细菌死亡。如果用微波炉加热牛奶时间过长，会使牛奶中的蛋白质受高温作用，由溶胶状态变成凝胶状态，导致沉积物出现，影响乳品质量。
关于用微波炉热牛奶是否会牛奶的营养成分问题，关键在于加热时间的长短。因为微波炉的加热速度极快，而保存牛奶营养成分的温度不能太高。
据有关资料显示，微波炉的杀菌要来自于热力效应和生物效应。热力效应能使细菌的细胞蛋白质受热变性凝固，导致细菌死亡。如果用微波炉加热牛奶时间过长，会使牛奶中的蛋白质受高温作用，由溶胶状态变成凝胶状态，导致沉积物出现，影响乳品质量。牛奶加热的时间越长、温度越高，其中营养的流失就越严重，主要有维生素，其中维生素C流失得最厉害，其次是乳糖。
直接把袋装奶放进微波炉加热，对人体健康会产生不利影响。如果包装材料上没有注明“可用微波炉加热”的字样，就不适宜直接放入微波炉中加热。必须先将牛奶倒入微波炉专用的容器内，再用微波炉加热。在100℃以下，一般的塑料不会产生问题，用100℃以下的开水烫温奶袋，使牛奶温热。
如果能避免加热饮用就尽量不要加热，这样能保存牛奶完好的营养价值。特别对于孩子而言，完好的牛奶营养更有利于成长和发育。