中医认为，苦瓜具有清热消暑、养血益气、补肾健脾、滋肝明目的功效，对治疗痢疾、疮肿、热病烦渴、中暑发热、痱子过多、眼结膜炎、小便短赤等病有一定的作用。近几年来对于苦瓜的研究越来越深入，发现其含有植物胰岛素、苦瓜素、苦瓜亭、MAP30等有药用价值的化学成分，具有降血糖、抗艾滋病、抗菌、抗病毒、抗肿瘤、增强机体免疫力的作用。苦瓜所含的维生素C是菜瓜、丝瓜的10～20倍，具有预防坏血病，细胞膜，解毒，防止动脉粥样硬化，抗癌，提高机体应激能力，预防感冒，心脏等作用。苦瓜中含有类似胰岛素的物质——多肽-P，其降低血糖的作用比医治糖尿病的药物苯磺丁脲还明显，苦瓜还含有一种蛋白脂类物质，具有刺激和增强动物体内免疫细胞吞食癌细胞的能力，它可同生物碱中的奎宁一起在体内发挥抗癌作用。
苦瓜性凉，爽口不腻，在夏季吃后倍感凉爽舒适，有清心开胃的效果。苦瓜虽苦，但它绝不把苦味传给别人，如用苦瓜烧鱼、焖鱼，鱼块绝不沾苦味，所以苦瓜又有“君子菜”的别称。如将苦瓜泡制成凉茶在夏日饮用，可使人顿觉暑清神逸，烦渴皆消。因苦瓜性寒，故脾胃虚寒者不宜多食。
苦瓜的食法不多，主要有炒、凉拌和做汤几种，如苦瓜炒肉丝、干煸苦瓜、酿苦瓜和凉拌苦瓜等。做菜时，将其先切丝，放到开水中稍烫一下，再投入到凉水中备用，这样可减少苦味。