婴儿粪便的颜色，是一个非常重要的资讯。出生后第一天解出的大便，是为‘胎便’，颜色深墨。二至五天后逐渐转淡，称为‘转型便’。之后，大便颜色转绿黄或金，叫做‘奶便’。喝母奶的婴儿，其粪便一般是金或浅绿色;婴儿配方喂食者，则是或墨绿色。
有几种颜色，一定是不正常的，那就是：红色、黑色、灰白色。很深很深的青绿色，如果又黏又稀，大部份是病菌性肠炎，如再有血丝便，那更是典型‘沙门氏菌肠炎’的粪便。
红色、黑色的粪便，大部份表示胃肠道出血。越鲜红则出血越靠近或大肠，如肛裂、大肠炎合并黏膜受伤或出血、大肠息肉……等。砖红或像草莓汁一样的颜色，则考虑大肠炎(靠近盲肠附近的大肠炎)、肠套叠、美克氏憩室(在小肠尾端，约占所有人口的2%)等。
较黑的大便，考虑上消化道出血，如胃食道逆流引起食道炎合并出血、消化性溃疡(小孩亦会)、急性胃炎合并出血等。须注意，吃猪血糕或服用铁剂的病人，大便亦呈黑色;流鼻血时，血液吞入胃肠道，也会造成黑便，须小心分辨。
灰色大便，一般代表肝胆出了问题。胆红素(红血球中的血色素分解后之产物)运行到肝脏后，由肝内细胞吸取，再交由胆小管藉由胆道释出，然后经十二指肠、空肠、回肠、大肠，从粪便排出。这其中，胆红素经过多重的化学变化，而使粪便产生金、土、咖啡色、墨绿色……等。当胆红素无法从肝、胆释出时，粪便也将因此失去颜色，变为淡黄、淡白、甚至灰白色。通常，肝炎、胆囊炎、胆道阻塞……等，或多或少都会使大便颜色如此变化。