确诊为慢性乙型肝炎的病人，如果转氨酶升高或者肝活检肝组织有明显慢性炎症，同时血清乙肝e抗原、HBV-DNA阳性者，都应该进行抗病毒治疗。
如果转氨酶正常并且肝活检未发现肝组织有明显炎症活动，虽有血清e抗原或者HBV-DNA阳性，只表明是乙肝病毒携带者或者是慢性乙肝静止期，暂时不必抗病毒治疗，但需要定期到医院复查。一旦出现转氨酶异常再及时治疗。
治疗中，很多慢性乙肝病人片面追求转氨酶恢复正常或者HBV-DNA转阴。实际上，慢性乙肝进行抗病毒治疗的目标包括：①近期目标：即疗程结束时，肝功能恢复正常，HBV-DNA转阴，并且出现血清转换（指e抗原转阴，e抗体转阳）。医学上称之为“完全应答”。出现完全应答，是慢性乙肝抗病毒疗效显著的标志。②远期目标，即疗程结束后，改善长期预后，预防和逆转肝纤维化和肝硬化的发生，并明显降低肝细胞癌的发生率。所以，对抗病毒治疗效果的判定应全面化。
首先，病人要明确自身的病情，凡是被确诊为慢性乙肝活动期的病人（即转氨酶升高或者肝活检肝组织有明显慢性炎症，同时血清乙肝e抗原、HBV-DNA阳性者），均应进行抗病毒治疗。其次，充分了解抗病毒药物的种类、作用机制、适应症、疗效、副反应等，根据病情选择不同的抗病毒药物。最后，也要考虑药物的品牌、药厂的信誉、售后服务等方面的情况。
目前，国内外医学界所的治疗慢性乙肝有确切疗效的抗病毒药物主要有两大类：α干扰素和核苷类似物。α干扰素如赛若金（α1b干扰素）、α2a、α2b干扰素等。核苷类似物如拉米夫定、泛昔洛韦等。
α干扰素具有抗病毒和免疫调节双重作用，迄今用于治疗慢性乙肝有近30年的历史，经验非常成熟，疗效确切。它是国际的治疗慢性乙肝的首选抗病毒药物之一，并且目前仍是唯一被认可对慢性乙肝有明确的长期疗效的药物。
α干扰素的用量一般是每次30～50微克（α1b干扰素），或300～500万IU（α2干扰素），起始治疗为每天一次，两周后改为隔天一次，肌肉或皮下注射，疗程六个月。α干扰素治疗六个月后，40～50％病人达到完全应答，表现为肝功能恢复正常，HBV-DNA转阴，出现血清转换，并且疗效长期稳定。有资料显示，慢性乙肝经α干扰素治疗后可延缓病情进展，预防或降低肝硬化、肝癌的发生率，提高生活质量。
我国科学家发现，中国人感染病毒后，白细胞产生的α干扰素主要是α1b型干扰素，因此α1b干扰素尤其适合中国人使用，它更符合中国人的自然状态，副作用低。我国由深圳科兴公司生产的α1b干扰素（商品名为赛若金），现已成为肝炎抗病毒治疗的主要药物之一。