由于中医治疗取材方便，治疗彻底，目前仍有很多尖锐湿疣患者接受中医治疗。中医根据患者的体质和疣体的大小，结合症状，常划分为3型论治。它们是湿热下注证、外染毒邪证和气血瘀滞证。湿热下注证常发生于素体肥胖，阴部潮湿的患者；外染毒邪证常发生于不洁的患者；而气血瘀滞证主要见于湿疣日久，疣体灰暗的患者。
湿热下注证或有肛周皮损潮湿红润，或有包皮过长，或有白带过多或其他皮肤病。常伴口苦、口粘、口渴不喜饮水，大便粘滞不畅，小便黄。舌红苔黄腻，脉弦数。这是由于肝胆湿热下注，循经流注阴部所致。治疗宜清利湿热，解毒消疣，方药如下：
方中苍术、黄柏清下焦湿热；生苡仁健脾除湿，具有抗病毒的功能；配土茯苓、丹皮、通草、泽泻、马齿苋解毒除湿，活血化瘀。如湿热重者，可加入龙胆草10g；大便不通者，可加入芦荟10g。
常见疣体增大迅速，或合并梅毒、淋病，有明确的不洁史。自觉症状常较轻或无，舌脉亦可正常。这是由于外染毒邪，毒气蕴滞，故疣体增大迅速。治疗宜清热解毒，常用方药为去疣三号方加减：
方中马齿苋为主药，清热解毒；配合败酱草、紫草、大青叶、木贼草加强清热解毒、活血散结之效。如皮损灰暗，或病程较长，酌加蜂房、丹参、红花等活血化瘀之品。
见于皮损暗红或暗褐色，增长缓慢，经久不消，或有疼痛的患者。舌暗淡，苔薄白，脉细涩。这是由于毒邪结聚日久，阻滞气机，致气血瘀阻所致。治疗宜理气活血、化瘀散结，常用方为桃红四物汤加减：
方中取桃仁、红花、川芎、当归、丹参、蜂房活血化瘀；柴胡疏肝理气，引药直达病所；夏枯草清热解毒，软坚散结。如患者为气虚者，可加入生黄芪30g，补气解毒，提高机体免疫力；疣体坚硬者，可加入生龙牡各30g以软坚散结。